Voraussetzung für eine Beurteilung des Zustands der Oberflächengewässer und des Grundwassers ist eine Bestandsaufnahme in den jeweiligen Flussgebietseinheiten auf der Grundlage vorhandener Gewässerdaten. Dabei werden anthropogene Beeinträchtigungen und Eingriffe ermittelt, z. B. Abwassereinleitungen, Altlasten, Stoffeinträge aus Atmosphäre und Landwirtschaft sowie Wasserentnahmen. Den Vorgaben der Wasserrahmenrichtlinie (WRRL) folgend, sind nur Fließgewässer mit einem Einzugsgebiet von mehr als 10 Quadratkilometer, Seen mit einer Fläche von über 0,5 Quadratkilometer sowie das gesamte Grundwasser Gegenstand der Bestandsaufnahme. Die Daten für das Territorium von Brandenburg wurden im sog. C-Bericht veröffentlicht.

Das Deutsche Gewässerkundliche Jahrbuch (DGJ) enthält offizielle gewässerkundliche Kenngrößen, hauptsächlich Wasserstands- und Abflussdaten ausgewählter Messstellen. Es stellt sowohl Tageswerte als auch statistische Auswertungen, d. h. Hauptwerte, Dauertabellen und Extremwerte bereit. Die Veröffentlichung erfolgt hauptsächlich in Tabellenform, für einzelne Stationen auch in grafischer Aufbereitung.

Für den Naturpark Westhavelland (Flächengröße: 129.369 ha) ist gemäß § 58 Absatz 1 Brandenburgisches Naturschutzgesetz in der gültigen Fassung vom 26.05.2004 ein Pflege- und Entwicklungsplan (PEP) aufzustellen. Bearbeitungsgebiet ist der Naturpark Westhavelland einschließlich aller Biotope, die von der GSG-Grenze geschnitten werden.

Die Pflege- und Entwicklungspläne werden als Handlungskonzepte für Schutz, Pflege und Entwicklung der Großschutzgebiete in Brandenburg erstellt. Innerhalb der GSG befinden sich FFH-Gebiete, für die gemäß Art. 6 Abs. 1 der Richtlinie 92/43/EWG Managementpläne (MP) aufgestellt werden. Diese werden in die Pflege- und Entwicklungsplanung integriert. Der MP dient der Ersterfassung von Lebensraumtypen (Anhang I FFH-RL) und von Artenvorkommen (Anhang II FFH-RL), deren Bewertung und der Ableitung notwendiger Maßnahmen zu deren Erhaltung bzw. Wiederherstellung in einem günstigen Erhaltungszustand. Die Ergebnisse der Natura 2000-Managementpläne werden in den PEP ausgewertet und eingearbeitet.

Im Naturpark Westhavelland wird z. Z. das Gewässerrandstreifenprojekt: "Untere Havelniederung zwischen Pritzerbe und Gnevsdorf" (in den Ländern Brandenburg und Sachsen-Anhalt) bearbeitet. Die Ergebnisse des Projektes werden in dem Pflege- und Entwicklungsplan integriert.

Die Pflege- und Entwicklungsplanung gliedert sich in Vorstudie und Hauptstudie. Wesentliche Bestandteile der Vorstudie waren Datenzusammenstellung, Gebietscharakteristik, Erstellung von Leitbildern und eines Gesamtzielsystem sowie Festlegung des Bearbeitungsbedarfs und der Bearbeitungstiefe für die Hauptstudie. Wesentliche Inhalte der PEP-Hauptstudie sind: ergänzende Biotoptypen-/LRT-Kartierung, ergänzende Artenerfassung, Erstellung der Fachbeiträge ("Flora, Vegetation, Biotope", "Fauna", "Gewässer" (einschließlich Fischereiwirtschaft und Wasserhaushalt), "Landwirtschaft", "Forstwirtschaft und Jagd", "Tourismus") und naturschutzfachliche Planung mit unterschiedlicher Intensität.

Es wurde flächendeckend für das Land Brandenburg mit einem Screeningverfahren an stark befahrenen Straßen mit Randbebauung die Luftschadstoffbelastung berechnet. Untersucht werden die Jahre 2008/2010 und 2015. Eine flächendeckende Berechnung der Luftschadstoffvorbelastung wurde hierfür ebenfalls durchgeführt. Die Ergebnisse sind in einem Bericht im pdf-Format verfügbar.

Im Land Brandenburg stellt das Grundwasser die Grundlage der Trinkwasserversorgung dar und speist zu einem wesentlichen Anteil die Oberflächengewässer.
Eine Kenntnis der Grundwasserbeschaffenheit ist daher essenziell für einen nachhaltigen und wirtschaftlichen
Umgang mit der Ressource Wasser. Vielfältige anthropogene Einflüsse bedeuten eine Gefährdung für das oberflächennahe Grundwasser, die zu identifizieren und bewerten Aufgabe des Landesamtes für Umwelt (LfU) ist. Zusätzlich erfordern europäische Vorgaben wie die EU-Wasserrahmenrichtlinie (WRRL) die Kenntnis der natürlichen Hintergrundwerte, der hydrogeochemischen Grundwassereigenschaften sowie der anthropogenen Komponente an den Stoffkonzentrationen.
Das LfU untersucht in regelmäßigen Abständen die Grundwasserbeschaffenheit des Landes Brandenburg.
Der vorliegende Bericht umfasst Daten des Untersuchungszeitraums 2006 - 2012 von 1.460 Probenahmestellen an 1.287 Standorten. Die Analysen stammen überwiegend von Grundwassermessstellen des Landesmessnetzes sowie zusätzlich von externen und temporären Untersuchungsstandorten,die relativ gleichmäßig über das Land verteilt sind. Der Schwerpunkt bei der Auswertung lag auf dem wasserwirtschaftlich relevanten, oberflächennahen Hauptgrundwasserleiter.

Gemäß § 58 Brandenburger Naturschutzgesetz ist das Land Brandenburg gesetzlich zur Aufstellung von Pflege- und Entwicklungsplänen (PEP) in den Großschutzgebieten (GSG) verpflichtet. Die Pflege- und Entwicklungspläne werden als Handlungskonzepte für Schutz, Pflege und Entwicklung der Großschutzgebiete in Brandenburg erstellt. Bearbeitungsgebiet ist der Naturpark Uckermärkische Seen einschließlich aller Biotope, die von der GSG-Grenze geschnitten werden.

Der Naturpark Uckermärkische Seen liegt inmitten der wasserreichen, sanft gewellten Uckermark und findet seine Fortsetzung in den unmittelbar angrenzenden Naturparks Stechlin-Ruppiner Land und Feldberger Seenlandschaft in Mecklenburg-Vorpommern und dem Biosphärenreservat Schorfheide-Chorin. Sein lebhaftes Relief entstand während der Weichseleiszeit vor über 15.000 Jahren. Typisch für diese Region sind die vielen Rinnenseen, die Sölle und Moore. Die Hälfte des Naturparks nehmen Wälder ein.

Mit der im 12. Jahrhundert einsetzenden deutsch-pommerschen Besiedlung und der damit verbundenen Waldrodung entstand eine abwechslungsreiche Kulturlandschaft mit Hecken, Wiesen, Äckern und Feldgehölzen. Das Wappentier ist der Fischadler, der mit über 30 Brutpaaren hier in ungewöhnlicher Dichte lebt.

Der Pflege- und Entwicklungsplan (PEP) Naturpark Uckermärkische Seen wurde nicht zu Ende geführt, weil ab Beginn des Naturschutzgroßprojektes (NGP) Uckermärkische Seen ein neuer Pflege- und Entwicklungsplan (PEPL) für die Kerngebiete des NGP in Auftrag gegeben wurde. Für den PEP im Naturpark liegt nur eine Biotoptypenkartierung vor.

Gemäß § 58 Brandenburger Naturschutzgesetz ist das Land Brandenburg gesetzlich zur Aufstellung von Pflege- und Entwicklungsplänen (PEP) in den Großschutzgebieten (GSG) verpflichtet. Die Pflege- und Entwicklungspläne werden als Handlungskonzepte für Schutz, Pflege und Entwicklung der Großschutzgebiete in Brandenburg erstellt. Bearbeitungsgebiet ist der Naturpark Schlaubetal einschließlich aller Biotope, die von der GSG-Grenze geschnitten werden.

Der im Ostbrandenburgischen Heide- und Seengebiet zwischen Frankfurt/oder, Eisenhüttenstadt, Cottbus und Beeskow gelegene Naturpark Schlaubetal hat eine Fläche von 227 Quadratkilometer und gliedert sich in drei Gebiete unterschiedlichen Charakters. Der Norden wird durch große Waldgebiete geprägt, die von den charakteristischen Tälern der Schlaube und Oelse mit ihren zahlreichen Seen und Teichen durchzogen werden. Im Mittelteil liegt die Sukzessions- und Offenlandschaft der Reicherskreuzer Heide, Erbe der ehemaligen Nutzung als Truppenübungsplatz, die Feldflur von Leeskow, Reicherskreuz und Henzendorf sowie das von der Dorche geprägte Dorchtal im Osten. der Süden ist hingegen wieder von Wald bestimmt, den Seen und Moore auflockern, der jedoch keine natürlichen Fließgewässer aufweist. Durch das dichte Nebeneinander von nährstoffarmen Sandböden, kalkhaltigem Mergel und nassen Moorböden ist ein buntes Mosaik mit einem großen Reichtum an Pflanzen- und Tierarten entstanden. Neben der sehr hohen Bedeutung des Gebietes für den Naturschutz besitzt das Schlaubetal als überregional bekanntes Ausflugziel einen hohen Stellenwert für die naturorientierte Erholung.

Der PEP für den Naturpark Schlaubetal gliedert sich in zwei Teilen:
- Teil 1: rechtliche, methodische und allgemeine naturparkweite Aspekte
- Teil 2: genaue Beschreibung der 10 Landschaftsräume sowie deren Entwicklungs-/Schutzziele und Maßnahmen

Wesentliche naturschutzfachliche Entwicklungsziele sind dabei unter anderem Umwandlung naturferner Forste in naturnahe Wälder, Renaturierung von Fließgewässern, Erstellung von Biotopverbundsystemen, Förderung naturnaher Landschaftsräume und historisch gewachsener Kulturlandschaften, sowie in Übereinstimmung mit Naturschutzerfordernissen umweltverträglicher Nutzungsformen in den Bereichen Land-, Forst-, Fischerei-, Wasserwirtschaft, Erholungswesen und Fremdenverkehr.

Im zweiten Teil des PEP werden für die einzelnen Landschaftsräume genau vorgestellt und Maßnahmen für die Entwicklungsziele abgeleitet.

Gemäß § 58 Brandenburger Naturschutzgesetz ist das Land Brandenburg gesetzlich zur Aufstellung von Pflege- und Entwicklungsplänen (PEP) in den Großschutzgebieten (GSG) verpflichtet. Die Pflege- und Entwicklungspläne werden als Handlungskonzepte für Schutz, Pflege und Entwicklung der Großschutzgebiete in Brandenburg erstellt. Bearbeitungsgebiet ist der Naturpark Märkische Schweiz einschließlich aller Biotope, die von der GSG-Grenze geschnitten werden.

Der Naturpark Märkische Schweiz ist Brandenburgs kleinster und ältester Naturpark und liegt 60 Kilometer östlich von Berlin. Der 205 Quadratkilometer große Naturpark wurde bereits 1990 mit dem Nationalparkprogramm der DDR als Großschutzgebiet festgesetzt. Der Naturpark ist geprägt durch eine vielfältige, abwechslungsreiche Landschaft mit Wäldern und Forsten, einer relativ reich strukturierten Feldlandschaft, Grünland, zahlreichen Seen und Kleingewässern sowie Niederungsbereichen mit Bächen und Mooren. Aufgrund der Vielgestaltigkeit der Landschaft des Naturparks auf engem Raum und teilweise wenig intensiven Landnutzung kommen dort eine Vielzahl gefährdeter Biotope, Tier- und Pflanzenarten vor.

Wesentliche Inhalte bzw. Ziele des PEP Naturpark Märkische Schweiz sind:
- Erhaltung und Verbesserung der sich aus den natürlichen Bedingungen ergebenden wertvollen und vielgestaltigen Landschaftsstrukturen
- Sicherung der Nachhaltigkeit der Erholungsfunktionen bei gleichzeitiger Erfüllung der Naturschutzanliegen
- Erhaltung und Verbesserung der Wasserqualität und der Ufergestaltung der Seen
- Erhaltung und teilweise Renaturierung der Fließgewässer
- Förderung einer dem Anliegen des Erholungswesens und des Naturschutzes entsprechenden, ökologisch orientierten Land- und Forstwirtschaft
- Erhaltung und Wiederherstellung der landschaftstypischen und historisch gewachsenen reichstrukturierten Agrarräume des Gebietes
- Erhaltung, Pflege und Entwicklung der vielfältigen Lebensräume für die gefährdeten Organismenarten und eines umfassenden Biotopverbundsystems

Darüber hinaus werden Ziele und Maßnahmen zum Schutz, zur Pflege und zur Entwicklung für Einzelbiotope und Biotopkomplexe gesondert konkret formuliert.

Der Vertragsnaturschutz ist ein Instrument zur Umsetzung konkreter flächenbezogener Anliegen des Naturschutzes, insbesondere zum Erhalt und zur Entwicklung gefährdeter Lebensräume und der daran gebundenen Arten. Es handelt sich hierbei um vertraglich gebundene Maßnahmen auf Flächen, die nicht über das Kulturlandschaftsprogramm (KULAP) erreicht werden, sowie um Maßnahmen, die nicht durch ordnungsrechtliche Vorgaben in Schutzgebieten festgelegt sind.

In dem Projekt "Förderung der Rohrdommel im EU-Vogelschutzgebiet Schorfheide-Chorin" mit der Rohrdommel als Wappenvogel wurden für das EU-LIFE-Projekt im Biosphärenreservat Schorfheide-Chorin Konzepte für die Nutzung und Pflege der brandenburgischen Gewässer erarbeitet. In zehn Teilgebieten wurden die Rohrdommel und Röhrichtbrüterbestände, sowie die Amphibien und Fische, die Röhrichtstruktur sowie die Wasserstände und ¿qualität erfasst. Darauf aufbauend wurden geeignete Managementmaßnahmen erarbeitet und umgesetzt.

Wesentliche Projektziele waren hierbei:
- Rückgewinnung, Erhalt und Verbesserung von Schilfröhrichten als Lebensraum für die Rohrdommel,
- Schutz der Schilfröhrichte vor negativen menschlichen Einflüssen,
- Positive Auswirkungen auf viele gefährdete Feuchtgebietstypen und den gesamten Landschaftswasserhaushalt des Gebietes.