Die Abteilung 1 "Allgemeine Abteilung" stellt die personelle technische und organisatorische Infrastruktur des Amtes bereit und koordiniert die Bearbeitung abteilungsüberpreifender Aufgaben.
Die Abteilung 2 "Naturschutz und Landschaftspflege" ist auf der Grundlage des Landesnaturschutzgesetzes Mecklenburg-Vorpommern tätig. Als Fachbehörde für Naturschutz arbeitet die Abteilung nicht nur im Gesetzesvollzug, als Träger öffentlicher Belange und in der Fördermittelvergabe, sondern berät auch Antragsteller und andere Behörden zu Fragen der Eingriffsregelung, der Landschaftsplanung, des Arten- und Biotopschutzes sowie zu Fragen des Vertragsnaturschutzes.
Das Dezernat 200 "Landschaftsplanung, Eingriffe in Natur und Landschaft" nimmt die vollzugsbehördlichen Aufgaben des Naturschutzes im Bereich der Küstengewässer war. Daneben werden fachliche Stellungnahmen im Rahmen von Flächennutzungsplänen, Raumordnungsverfahren, Planfeststellungsverfahren, Umweltverträglichkeitsprüfungen sowie zu Landschaftsplänen erarbeitet. Ferner liefert das Dezernat Beiträge für die fachlichen Grundlagen der Landschaftsplanung und zur übergeordneten Landschaftsplanung.
Enthält Angaben zur Vegetation naturnaher Bäche, Wasser- und Ufervegetation, Vegetation der Quellgebiete, Waldvegetation, Kartiererergebnisse, Empfehlungen, Bedeutung für Naturschutz, Fischerei.
Enthält Angaben zu landschaftsökologischer Bedeutung des Gebietes zu historischen und aktuellen Nutzungsformen. Enthält Meßergebnisse, Bodenverhältnisse, Hydrologische Verhältnisse, Pflege- und Entwicklungsempfehlungen.
Das Dezernat 210 "Arten- und Biotopschutz, Naturschutzgebiete" hat als Hauptaufgabe die Erhaltung des vorhandenen Arteninventars der freilebenden Tiere und Pflanzen und der Ökosysteme zu sichern.
Das Dezernat 210 ist für die Entscheidung über Ausnahmen und Befreiungen in den festgesetzten oder einstweilig gesicherten Naturschutzgebieten zuständig. Hier werden auch die Unterschutzstellungsverfahren für Naturschutzgebiete vorbereitet, deren weitere Entwicklung geplant und Pflege- und Entwicklungsmaßnahmen organisiert und finanziert. Damit wird ein wesentlicher Beitrag zur Erhaltung der einzigartigen Naturausstattung Mecklenburg-Vorpommerns geleistet.
